الأقسام العلمية تتكون الكلية من 9 أقسام أكاديمية تتولى مسؤولية تنفيذ البرامج الدراسية في مختلف التخصصات سواء التدريس أو الإشراف ضمن الدرجات العلمية المختلفة التي تمنحها الكلية وهي: البكالوريوس والدراسات العليا. وهذه الأقسام هي: 1. قسم الصيدلانيات والصيدلة الصناعية 2. قسم العقاقير 3. قسم الادوية والسموم 4. قسم الميكروبيولوجيا الصيدلية والمناعة 5. قسم الكيمياء العضوية الصيدلية 6. قسم الكيمياء التحليلية الصيدلية 7. قسم الكيمياء الحيوية 8. قسم الكيمياء الدوائية 9. قسم الصيدلة الاكلنيكية